吉林大学口腔医院设有口腔颌面外一科、口腔河面外二科、口腔颌面外三科、口腔颌面外科门诊、口腔修复科、口腔正畸科、口腔种植科、牙体牙髓科、儿童口腔科、牙周科、口腔黏膜科、口腔预防科、VIP综合科、综合口腔治疗科、口腔急诊科、老年口腔科、口腔医学整形美容中心等25个临床医疗医技科室。